【第１段階：中学１ 年・２ 年】基本を身につけ、学ぶ楽しさを知る
国語、数学、英語の増加単位を利用し、基礎学力の養成を行います。数学、英語では、習熟度別少人数指導を行います。

【第２ 段階：中学３年・高校１ 年】自分を見つめ、発見の喜びを知る
中学３ 年では増加単位を利用し、国語、数学、英語の実力の養成を行い、高校の各科やコースの準備のための少人数目的別指導を行います。また、基礎学力不足をなくすため、必要に応じた内容の補充や高校へ向けてのバイパス的内容も取り入れます。
活水中学から高校への入学試験がないために、切れ目のない連続した授業を行います。

【第３段階：高校２ 年・３ 年】自らを深め、未来への夢を育む
各科・コースで、将来の希望に応じて、可能性の芽を伸ばす学習指導を行います。
　
　今の教育社会は、自分のことしか考えない、自分さえよければと身勝手な行動をする人が増え、また心の支え、人生の指針を見失って自分の生き方・生かし方を持てずに、生き方の手本を何に求めたらよいのか分からない人も増えています。活水ではキリストの教えである聖書を手本にした生き方・生かし方を学ばせ、それを実践する一人ひとりにとの願いから、次の6つの教育方針を掲げて、その指導に当たっています。

　　　　　　1.神を畏（おそ）れる敬虔（けいけん）な心を養う
　　　　　　2.学問を尊重し、学力の向上と実力の養成に努める
　　　　　　3.愛と奉仕の精神を身につける
　　　　　　4.清らかな精神と身体の育成
　　　　　　5.常識ある判断力を養う
　　　　　　6.国際的感覚を養う
　
三代目ホワイト校長先生は、ＫＷＡＳＳＵＩのアルファベットを用いて活水が大切としている教えを「活水精神」として次のような英語の単語で表現して、その精神を生かす努力を促しました。